Niedobory odporności występujące u wcześniej zdrowych pacjentów. Zalicza się do nich AIDS – zespół nabytego niedoboru odporności wywołany przez wirus HIV.

Do innych przyczyn wtórych niedoborów immunologicznych zalicza się: ciężkie zakażenia, przyjmowanie leków immunosupresyjnych (na przykład glikokortykosteroidów), choroby układu krwiotwórczego, choroby układu pokarmowego zaburzające wchłanianie, choroby autoimmunologiczne, oparzenia oraz rozlegle urazy.

Klinicznie niedobór odporności spowodowany wymienionymi przyczynami objawia się występowaniem przewlekłych, opornych na leczenie infekcji oraz rozwojem zakażeń oportunsitycznych.