Zakażenia charakterystyczne dla osobników o obniżonej odporności (u człowieka głównie spowodowane przez AIDS), ale także wskutek immunosupresji (przy transplantacjach) oraz przy stosowaniu antybiotyków (niszczenie flory fizjologicznej). Czynnikiem tych zakażeń są głównie patogeny uznawane do niedawna za niechorobotwórcze. Do zakażeń oportunistycznych zalicza się: toksoplazmozę, pneumocystozę, uogólnione infekcje grzybicze, ciężko przebiegające infekcje wywołane CMV, HSV oraz wirusem ospy wietrznej.